Ferdinando được sinh ra ở Palermo, bố là Vua Francesco I của Hai Sicilie và mẹ là María Isabel của Tây Ban Nha.

Ông bà nội của ông là Ferdinando I của Hai Sicilia và Maria Karolina của Áo. Ông bà ngoại của ông là Carlos IV của Tây Ban Nha và María Luisa của Parma. Ferdinando I và Carlos IV là anh em, cả hai đều là con trai của vua Carlos III của Tây Ban Nha và Maria Amalia của Sachsen. Trong số các chị em của ông có Teresa Cristina, Hoàng hậu Brasil, là vợ của Pedro II, vị Hoàng đế cuối cùng của Đế chế Brasil.